Eine Überraschung anlässlich des Abbruchs war die Entdeckung der Wandmalereien. Eine gewisse Vorstellung von den Bildinhalten vermitteln Zeichnungen und Aquarelle, die zwei Basler Künstler noch während der Abbrucharbeiten angefertigt hatten.

Die ältesten Malereien fanden sich im Chor; sie sind wohl um 1300 oder bald danach entstanden. Die Themen kreisen um die Legende des heiligen Jakobus. Die Bilder der Längswände stammen teils aus dem 15., teils aus dem Beginn des 16. Jahrhunderts. Es scheint, dass namhafte oberrheinische Meister am Werk waren.