Am 26. August 1444 richtete die Schlacht zwischen Armagnaken und Eidgenossen erneut grössere Schäden an.
Zwar war nicht, wie man früher geglaubt hatte, die ganze Kapelle zerstört worden. Eingestürzt war die südliche Seitenmauer, weitgehend unbeschädigt blieb der Chor.
Diesmal sprang das in Basel versammelte Konzil in die finanzielle Lücke und gewährte einen Ablass zum Wiederaufbau.

Dem Bildersturm anlässlich der Einführung der Reformation im Februar 1529 fielen die Altäre zum Opfer; die Innenwände wurden nachträglich weiss getüncht.